Holding a pool analysis kit  by pool © Arena Photo UK W Polsce większość basenów stosuje chlorowanie jako główną metodę dezynfekcji wody. Jest to najbardziej skuteczny i stosunkowo tani sposób na oczyszczanie wody basenowej.

Niestety chlor reaguje z potem i drobnoustrojami na ciele ludzkim, co powoduje powstawanie chloramin odpowiedzialnych za nieprzyjemny zapach w wodzie i w powietrzu i występowanie podrażnień skóry.

Z tego powodu coraz więcej pływalni wyposażonych jest w alternatywne sposoby dezynfekcji. Do najpopularniejszych należą ozonowanie i lampy UV.
Ozon jest związkiem niebezpiecznym dla człowieka, dlatego odkażanie wody przebiega poza niecką pływalni – woda w basenie praktycznie nie zawiera ozonu. W celu utrzymania odpowiedniego poziomu czystości również dodaje się chlor do wody basenowej, lecz w mniejszych ilościach, co obniża zawartość chloramin w wodzie.
Naświetlanie UV jest sposobem bardziej nowoczesnym, jednak również nie zastępuje chlorowania. Poza działaniem bakteriobójczym, promienie UV zmniejszają zawartość chloramin w wodzie. Niestety zarówno ozonowanie (z powodu skomplikowanej konstrukcji) jak i lampy UV (z uwagi na konieczność częstej wymiany żarników) są stosunkowo drogie w porównaniu z klasycznym chlorowaniem.

Na rodzaj dezynfekcji wody powinny zwracać uwagę osoby skłonne do alergii i astmatycy.
Zarówno chlor jak i ozon mogą wywołać reakcję alergiczne. Nie oznacza to, że alergicy powinni rezygnować z tej wyjątkowo korzystnej dla zdrowia aktywności. Pływanie może przyczynić się do zwiększenia pojemności płuc, a ciepłe i wilgotne powietrze w basenach może zmniejszać występowanie objawów astmy.

Jakość wody w basenach na terenie Polski reguluje ustawa o zbiorowym zaopatrzeniu w wodę i zbiorowym odprowadzania ścieków z 7 czerwca 2001 roku. Jakość ta zależy również w dużej mierze od nas samych. Dokładne umycie ciała przed korzystaniem z pływalni powoduje zmniejszenie ilości drobnoustrojów, czyli mniejsze stężenie chloramin w wodzie.